Sådan tælles læsninger i bam pr. Senginterval med sengeværktøjer

Spørgsmål:

benn

2017-08-17 18:10:12 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Jeg installerede for nylig Ubuntu 16.04 (fordi jeg stadig brugte 12.04). Men det ser ud til, at mine sengetøjsskripter ikke fungerer ordentligt længere. Jeg kan ikke finde ud af, hvordan jeg bruger de nye sengeværktøjer til mine gamle måder. Hvad jeg vil gøre er at få antallet af læsninger fra en bam-fil pr. Interval fra en sengfil. Det var meget simpelt med min gamle version af Ubuntu og bedtools:

  bedtools dækning -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt

Men dette ser ikke ud til at fungere mere. Jeg fik tidligere små filer som resultater (~ 3MB), men nu oprettes store filer (~ 4GB) inklusive læsnavne ??

Jeg bruger sengeværktøj v2.25 nu.

En svar:

Devon Ryan

2017-08-17 18:21:05 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Rækkefølgen af -a og -b skiftede på et eller andet tidspunkt. Du vil have:

  dækning af sengeværktøjer -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt

Til reference er dette slutningen på hjælpeproduktionen i version 2.25:

  Standardoutput: Efter hver post i A rapporteres: 1) Antallet af funktioner i B, der overlappede A-intervallet. 2) Antallet af baser i A, der havde ikke-nul-dækning. 3) Længden af posten i A. 4) Brøkdelen af baser i A, der havde ikke-nul-dækning.

Og dette er den tilsvarende output fra version 2.19:

Standardoutput: Efter hver indtastning i B rapporteres: 1) Antallet af funktioner i A, der overlappede B-intervallet. 2) Antallet af baser i B, der havde ikke-nul-dækning. 3) Længden af posten i B. 4) Brøkdelen af baser i B, der havde ikke-nul-dækning.

Opdatering : Ændringen i adfærd skete i version 2.24:

Vi har ændret dækningsværktøjets adfærd, så det er i overensstemmelse med de andre værktøjer. Specifikt beregnes dækning nu for intervallerne i A-filen baseret på overlapningerne med B-filen snarere end omvendt.

Tak Devon! Jeg var ikke opmærksom på 'kontakten'. At skifte -a og -b løser faktisk mit problem!

ⓘ

Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 3.0-licens, den distribueres under.

om - legalese