Spørgsmål:
Hvad er skaleringen for HOMER metagener?
bioinform_noob
2017-06-07 08:39:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg prøver at bruge HOMER til at lave en metagenprofil over genlegemer ved hjælp af en senggraffil, jeg har genereret. Problemet er, at hver gang jeg gør det, bliver jeg virkelig underlig skalering på y-aksen. Jeg skulle få gennemsnitsværdier på tværs af genlegemet i størrelsesordenen 5-10, men i stedet får jeg værdier i størrelsesordenen 0,03-0,05 eller derunder. Det underlige er, at når jeg ikke bruger metagene-script, eller når jeg ikke bruger histogram med -størrelse givet, får jeg helt normale værdier - men det er ikke, hvad jeg desværre vil have til metagene-profilen.

Hvad mangler jeg?

En svar:
bioinform_noob
2017-06-07 11:15:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

fandt ud af det! For alle, der finder denne tråd i fremtiden og undrer sig over, hvad der foregår: HOMER normaliserer y-aksen til antallet af basepar i intervallerne - i dette tilfælde længden af genlegeme. For at få de "rå" værdier, som jeg ville have brug for, skal du gange med genlegemets længde for at "fortryde" normaliseringen.



Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 3.0-licens, den distribueres under.
Loading...