Spørgsmål:
Hvad er 'k' i sekventering?
Jonathan
2019-12-28 07:30:35 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Når en DNA-sekvens er sekventeret, har jeg kun nogensinde behandlet A, T, C, G og N, hvilket indikerer ikke-identificerbare baser. Imidlertid stødte jeg på et 'k' for nylig, og jeg havde spurgt en anden forsker, der gav mig et svar på, hvad 'k' repræsenterer, men jeg kan ikke helt huske det. Det kan ikke bare være en anomali i den ene sekvensfil. Eventuelle ideer?

K er også lysinaminosyren (og k-mere er selvfølgelig noget andet)
To svar:
user6690
2019-12-28 07:52:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Se IUPAC-koder:

IUPAC codes

Så som du kan se ovenfor, K betyder "Enten G eller T".

Michael
2019-12-28 10:12:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Det anbefales, at du lærer den degenererede nukleotidkode. I sekventering kan det betegne sekvensdata af dårlig kvalitet, men i primer-design er det nyttigt. R (mutation inden for puriner) og Y (mutation inden for pyrimidiner) er almindelige. K, en purin til pyrimadin eller pyrimadin til purin mutation er efter min mening sjælden. Jeg vil behandle en K-mutation med forsigtighed og overveje tripletkodonen omkring den, dvs. hvis den er en del af et proteingen.

De fleste phylogeneitcs-programmer fungerer med den degenererede nukleotidkode, så i teorien kan du stadig få nyttige oplysninger med det.



ⓘ
Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 4.0-licens, den distribueres under.
Loading...