Givet WGS-data eller RNA-seq-data, hvilke værktøjer kan jeg bruge til at detektere genfusioner?
Givet WGS-data eller RNA-seq-data, hvilke værktøjer kan jeg bruge til at detektere genfusioner?
De fleste af disse bruger RNA-seq-data, nogle bruger WGS-data, og nogle bruger begge dele. De er opført alfabetisk. Jeg vil føje til listen, når jeg finder ud af mere.
Andre nyttige programmer:
Chimeraviz (visualiseringsværktøjer til genfusioner): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28525538 (ansvarsfraskrivelse: Jeg oprettede dette)
Chimera: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4253834/
OncoFuse: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/20/2539.long
FuMa: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/12/09/bioinformatics.btv721.abstract
1- Chimerascan + Star
2- Tophat Fusion
To rørledninger, jeg har brugt udførligt og anbefaler. De andre, der er opført af @ L42, kan jeg ikke tale med, men Star Fusion lyder lovende. Stjernen er hurtig.