elsoja
2017-08-15 21:34:21 UTC
Jeg sammenligner de resultater, jeg får, når jeg foretager en DE-analyse, med Wald-testen og sandsynlighedsforholdstesten. En ting, som jeg har bemærket, er at der er mange gener med 'beta' tæt på nul, der betragtes som differentielt udtrykt mellem forholdene.
Jeg ved, at sandsynlighedsforholdstesten ikke bruger beta-værdier til beregning af p-værdier, men jeg finder det underligt, at udskrifter med lignende ekspressionsværdier mellem betingelserne betragtes som differentieret udtrykt.
Vulkan plot (Wald test q-værdier):
Vulkan plot (sandsynlighedsforhold test q-værdier):
Jeg har aldrig brugt Sleuth, men der er adskillige ulige ting ved disse data for mig: Y-aksen på Wald-testplottet virker for eksempel langt væk (oppustet). Q-værdierne i LR-plottet er meget mere rimelige.
Krydsopslået [på biostjerner] (https://www.biostars.org/p/267498/#267637) og [kallisto mailingliste] (https://groups.google.com/forum/#!topic/kallisto -sleuth-brugere / bRb4nRhoZZw).
Hvordan ser dette ud, hvis du tegner Beta versus gennemsnitlig TPM på tværs af alle prøver, eksklusive dem med qval <0,05?
Hvad er det egentlige spørgsmål? Hvorfor er nogle gener med beta = 0 og qværdi <0,05?
Ja, det er den ting, jeg ikke kan forstå