Fortolkning af integrativ genomics viewer (IGV)

Spørgsmål:

AlwaysTrying44

2017-09-06 01:05:49 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Jeg fulgte en tutorial om "Tuxedo Genome Guided Transcriptome Assembly Workshop" og spekulerede på, hvordan jeg skulle fortolke følgende:

Fra det, jeg forstår fra 'Color Legends', repræsenterer farven blå noget, der er under det normale, og rødt repræsenterer noget, der er over det normale. .bed er referencen. De ser ud til at være ens for det meste, men ser ud til at have pauser imellem. Hvad er den rette måde at fortolke dette resultat på?

En svar:

Devon Ryan

2017-09-06 03:21:57 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Du har tilsyneladende farvet dine justeringer efter læst streng. I dette tilfælde angiver rødt "+ (watson) streng" og blå angiver "- (streng) streng". Denne strengforbindelse bestemmes af orienteringen af læse nr. 1 i et par (eller bare "aflæsningen", hvis du har single-end-data). Dette er faktisk ikke dokumenteret i brugervejledningen, men du kan finde en af Broad institute-softwareteknikere, der svarer her.

Dit næste spørgsmål er sandsynligt, hvorfor farven på læsningerne er og orienteringen af generne er modsatte af hinanden. Dette skyldes, at i moderne retningsbestemte protokoller svarer læsning nr. 2 i et par til orienteringen af genet, hvorfra det opstod.

Tak for dit svar. Jeg er ikke sikker på, at jeg forstår, hvad du henviser til ved at læse nr. 1 og læse nr. 2 baseret på det billede, jeg vedhæftede.

Ignorer den del, hvis du ikke forstår det. Det direkte svar på dit spørgsmål er, at farverne repræsenterer den streng, hvorfra læsningen opstod.

ⓘ

Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 3.0-licens, den distribueres under.

om - legalese