At gentage din prøve vil ikke gøre det mindre heterozygot. Jeg antager, at du arbejder med en diploid organisme? Opdater venligst dit spørgsmål, og angiv din organisms genomstørrelse og ploidi (typen af ​​organisme hjælper os også med at opdatere vores svar).

Svaret, ja, du kan bruge Pilon + korte læsninger til at rette PacBio-enheden selv med en meget heterozygot prøve. For at gøre det skal du bruge indstillingen --diploid i Pilon for at fortælle det, at der vil være heterozygote websteder. Den måde, hvorpå det korrigerer heterozygote SNP'er og heterozygote indeler, er forskellig, og det ser ud til at fungere bedst med SNP'er og identificerer undertiden ikke korrekt heterozygote indels ( kilde).

Pilon selv håndterer ikke indfasning, men korrigerer bare med det, der læses i bam -filen, som den er forsynet med. Slutresultatet af at tilvejebringe en bam med læsninger fra begge haplotyper er, at den korrigerede sekvens vil være en mosaik af den dominerende allel på det heterozygote sted, som det blev observeret i de kortlæste data. Dette vælger måske eller måske ikke for nogle alleler baseret på sekventeringsdækningsforstyrrelse af Illumina-sequencere.