Spørgsmål:
Bedste fremgangsmåder til at beslutte, om to strukturelle varianter faktisk er den samme variant?
mdperry
2018-07-29 06:44:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg ved, at jeg kan bruge bcftools isec til at sammenligne to VCF-filer, der indeholder enkeltnukleotidvarianter (SNV'er); det genererer fire mulige outputfiler: en med alle de unikke SNV'er i fil 1, en med alle de unikke SNV'er i fil 2, en med alle SNV'er fra fil 1, der også blev fundet i fil 2, og endelig en med alle SNV'erne fra fil 2, der også blev fundet i fil 1. Er der en lignende type værktøj, der gør det muligt at sammenligne strukturelle varianter (SV'er) mellem to VCF-filer? Jeg er ved at tilpasse et af mine Perl-scripts (der i øjeblikket bruger VCF.pm Perl-modulet til at parsere VCF-filer) for at udføre denne beregning (for hidtil har jeg ikke fundet nogen værktøjer designet til SV'er), men jeg troede, jeg ville spørge i dette forum, hvis nogen andre allerede har opfundet dette hjul.

Det ser ud til, at ingen har svaret endnu. Måske vil andre finde det lettere at hjælpe dig, hvis du har givet et minimalt eksempel på de VCF-filer, som du prøver at sammenligne?
En svar:
RosieF
2018-11-25 23:23:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Det værktøj, du vil bruge til denne opgave, er vindue til sengeværktøj .



Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 4.0-licens, den distribueres under.
Loading...