Det er den rigtige sekvens for 2019-nCov. Coronavirus er naturligvis en RNA-virus, og faktisk er, så vidt jeg ved, enhver RNA-virus i Genbank til stede som cDNA (AGCT, dvs. thydmin) og ikke RNA (AGCU, dvs. uracil).

Årsagen er simpelt sekventerer vi aldrig direkte fra RNA, fordi RNA er for ustabilt og let nedbrydes af RNase. I stedet transverteres genomet enten ved målrettet revers transkription eller tilfældig amplifikation og omdannes således til cDNA. cDNA er stabilt og er i det væsentlige omvendt transskriberet RNA.

cDNA'et enten sekventeres direkte eller yderligere amplificeres ved PCR og derefter sekventeres. Derfor er sekvensen, vi observerer, cDNA snarere end RNA, således observerer vi thymin snarere end uracil, og det er sådan, det rapporteres.

De fleste sekventeringseksperimenter, det være sig Illumina-baserede næste generations sekventering eller Sanger-sekventering bruger DNA som skabelon, ikke RNA. Selvom denne virus er RNA-baseret, ville den blive transskriberet omvendt før ethvert sekventeringseksperiment. Derfor er output DNA, og dette er hvad NCBI giver her.

Hvis dette var [cDNA], ville slutningen af ​​den sande mRNA-sekvens være ... UCUUACUGUUUUUUUUUUU eller en "poly (U)" -hale.

En cDNA sekvens, måske forvirrende, refererer til kodende streng af cDNA (på trods af at det kaldes "komplementær"). Så mens cDNA er resultatet af omvendt transkribering af RNA til DNA, har det ved konvention den samme strenghed som det originale RNA. Derfor læses det, du ser, i retning 5 ′ → 3 ′ og indeholder en synlig poly (A) hale. At have en enkelt konventionel læseretning for alle arkiverede sekvenser forenkler datahåndtering meget og reducerer fejl.

Faktisk, da cDNA er dobbeltstrenget, er der ingen a priori grund til, at en computerlagret cDNA-sekvens henvis til skabelonstrengen (dvs. den modsatte streng, som syntetiseres fra RNA under omvendt transkription).

Hele (forenklet) synteseproces af cDNA er som følger:

1. En primer hybridiserer til skabelon-RNA-molekylet.
2. RNA-skabelonen transskriberes omvendt til DNA ved hjælp af revers transkriptase.
3. RNA-skabelonen fjernes.
4. En komplementær streng transskriberes langs (i øjeblikket) enkeltstrenget cDNA, hvilket resulterer i et dobbeltstrenget cDNA-produkt.

Det er ikke almindeligt at sekvensere direkte fra RNA, fordi de fleste sekventeringsplatforme ikke har det som en mulighed. Nanopore-sequencere tillader dette, men jeg er ikke bekendt med nogen 2019-nCov-fortryk, der involverer nanopore-RNA-sekventering. Jeg forventer, at det vil ændre sig i løbet af den næste måned.

Der findes kommercielle sæt; der er ingen uoverstigelige tekniske problemer med det. Direkte RNA-sekventering kan udføres lokalt på stedet nær opdagelsesstedet uden prøveoverførsel eller kultur på en USB-drevet enhed, der passer i en lomme (RNA-forberedelse tager ca. 2 timer). Flowceller, der har potentielt infektiøs RNA i sig, kan bortskaffes som biologisk farligt affald. Imidlertid betyder den lethed, hvormed RNA hurtigt kan konverteres til mere stabil cDNA og derefter amplificeres for at skabe en meget højere koncentration DNA-prøve (som er hurtigere / mere effektiv at få resultater fra), at cDNA generelt foretrækkes til sekventering, medmindre det native RNA er behov (f.eks. for at se på RNA-basemodifikationer, der ødelægges, når de konverteres til cDNA).

Der findes et papir om koronavirus direkte RNA-sekventering med nanopore her; Jeg forventer, at 2019-nCoV ville have en lignende vanskelighed. Zika-virussen har en ekstremt lav virusbelastning i humant blod, men er også blevet sekventeret via direkte RNA-sekventering af [omhyggeligt] dyrkede celler (se her).

Uanset om eller ikke er RNA-sekventering faktisk udført, de fleste genetiske dataanalyseprogrammer fungerer kun med A / C / G / T-sekvenser, så det er konventionelt at erstatte U-dele af en RNA-sekvens med T til datalagring. Der er intet tab af information ved at gøre dette, da T erstatter alle Us i RNA-sekvensen.

Jeg har lige søgt på GenBank accepterer nukleotidsekvens, jeg så ikke cDNA nogen steder og i Wuhan Coronavirus nævnes det / mol_type = "genomisk RNA"

Jeg er nysgerrig