SAM-formatet havde oprindeligt kun M , I , D , N , S , H og P CIGAR-operatører. Se den originale SAM-specifikation (hvis du kan se Apple Pages-dokumenter) og tabel 1 i Sequence Alignment / Map format og SAMtools (Li et al , 2009). Dette var i tråd med tidligere værktøjer ved hjælp af CIGAR-strenge, især exonerate , der introducerede dem med bare M , I og D -operatorer.

BWA-backtrack blev skrevet samtidig med SAM-formatet i 2008 og 2009 (og udgivet i maj 2009). Dets ChangeLog viser, at det udsendte uoverensstemmelsesoplysninger i et MD -tag fra januar 2009, og at MD blev defineret i SAM-specifikationen for den tid ( og at tagværdiens syntaks var noget i bevægelse i februar 2009). MD -taggen er også beskrevet i den tidlige v1.0-sideformaterede SAM-specifikation.

= og X CIGAR-operatører blev introduceret senere i SAM v1.3 som et resultat af denne lange samtools-devel mailinglistetråd. De tegn, der blev brugt til operatørerne og de første implementeringer, var i det væsentlige på plads i november 2009.

Siden da har = / X -operatorerne ikke rigtig overtaget fra M , som du har set. Der er sandsynligvis en række faktorer, der bidrager til dette:

• Deres senere introduktion længe efter den grundlæggende M / I / D operatører og MD tag var veletablerede;
• Måske er de specifikke for SAM og utilgængelige i andre CIGAR-smag;
• De MD -tag giver stadig flere oplysninger - X fortæller dig ikke, hvad de uoverensstemmende referencebaser var.