Spørgsmål:
hvordan man indstiller en anden database end nr til ekstern blast + søgning
bluescholar1212
2017-06-24 02:12:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg forsøger at køre en BLAST-søgning eksternt ved hjælp af BLAST +.

Jeg kan få søgning til at fungere korrekt på kommandolinjen med følgende kommandoer:

  blastp - forespørgsel proteiner.fasta-fjernbetjening -db nr-ud proteiner_nr.txt -outfmt 6 -værdi 1e-30  

Jeg vil dog gerne have os den eksterne database med titlen "Mikrobielle proteiner fra nr" hvilket er hvad der ville blive brugt til den mikrobielle eksplosionssøgning, der åbner BLAST fra NCBI-webstedet.

Jeg kæmper for at finde den rigtige kode for at få adgang til denne database i stedet for bare "nr".

Er der en liste med koder for forskellige databaser?

På forhånd tak

En svar:
flatley176
2017-06-24 04:18:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg tror, ​​du leder efter env_nr ? Den er opført som sådan under Metagenomic proteiner på blastp-websiden. Det ser ud til, at ordet inden for parenteser skal leveres ved siden af ​​parameteren -db . En hurtig test med en dummy aminosyre-fasta-fil viser et resultat til en gyldig NCBI-proteintiltrædelse.

partial screenshot from NCBI's blastp webpage

Rediger: Jeg fulgte op på dette med lidt mere grave rundt, og det ser ud til, at den database, du leder efter, hedder Microbial_proteins . Jeg endte med citatsøgning Mikrobielle proteiner fra nr på Google og nøjagtigt 2 hits dukkede op. Jeg tror, ​​det første hit er, hvad OP sendte et screenshot af i en kommentar til dette svar. Den anden er en liste over databaser sammen med nøgleord fra et spansk-baseret bioinformatikfirma: http://data.biobam.com/ncbi_blast_dbs_protein.pdf. Jeg prøvede dummy-eksemplet igen med Microbial_proteins -databasen, og det ser ud til at fungere. Igen er jeg ikke sikker på, hvorfor jeg ikke nemt kan finde dette på en NCBI-ressource. Jeg er også nysgerrig efter, hvor forskellig denne database er fra env_nr .

@flatley176 tak for svaret. Det svarer på hvad jeg kan specificere med -db. Desværre ønsker jeg ikke at sprænge mod env_nr. Jeg vil gerne sprænge mod webstedsdatabasen ved hjælp af blast + og specificere denne database:! [Gyldig XHTML] (http://imgur.com/ghv7zbf) er der en måde at specificere dette for en fjernbetjening ved hjælp af blast + tak.
Jeg ved ikke, hvordan `Mikrobielle proteiner fra nr` adskiller sig fra` env_nr`-databasen. Side 3 af BLAST-manualen (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf) viser de tilgængelige databaser - den eneste henvisning til ordet "mikrobiel" er til 16'erne rRNA. Når det er sagt, gravede jeg lidt mere rundt, og det ser ud til, at der ER en løsning - databasen hedder 'Microbial_proteins'. Opdaterer mit svar.


Denne spørgsmål og svar blev automatisk oversat fra det engelske sprog.Det originale indhold er tilgængeligt på stackexchange, som vi takker for den cc by-sa 3.0-licens, den distribueres under.
Loading...