Jeg forsøger at køre en BLAST-søgning eksternt ved hjælp af BLAST +.
Jeg kan få søgning til at fungere korrekt på kommandolinjen med følgende kommandoer:
blastp - forespørgsel proteiner.fasta-fjernbetjening -db nr-ud proteiner_nr.txt -outfmt 6 -værdi 1e-30
Jeg vil dog gerne have os den eksterne database med titlen "Mikrobielle proteiner fra nr" hvilket er hvad der ville blive brugt til den mikrobielle eksplosionssøgning, der åbner BLAST fra NCBI-webstedet.
Jeg kæmper for at finde den rigtige kode for at få adgang til denne database i stedet for bare "nr".
Er der en liste med koder for forskellige databaser?
På forhånd tak